Eso es sencillo. Cuando creas el paquete de instalación hay una ventana con el título "Asistente de empaquetado y distribución - Archivos incluídos". En ella hay un botón "Agregar"para añadir archivos.
Añades todos los que quieras.
Luego pulsas en siguiente.
Luego te pregunta por si quieres un único cab o varios y seleccionas lo que quieras.
Luego te pregunta el título de la instalación. Lo metes y pulsas siguiente.
Luego te pregunta dónde crear los enlaces en el menú inicio. Lo haces y pulsas siguiente.
Ahora te aparece un lista de ficheros entre los que se encuentran los que añadiste. Para cada uno se muestra el directorio de origen y la "Ubicación de instalación". En tus ficheros añades a "$(AppPath)" el directorio donde los quieras dejar. Si por ejemplo los quieres dejar en un directorio llamado "fotos" debes poner en cada uno de los ficheros "$(AppPath)\fotos".
Un truco. Para volver a la parte de la lista en la que se ve el nombre del fichero pulsa la tecla tabulador para ir a la siguiente celda, porque mover la barra de desplazamiento no sirve.
Cuando acabes pulsa siguiente y te aparece una lista de ficheros que pueden ser compartidos. No marques ninguna de los tuyos.
Y ahora sigues creando la instalación con normalidad.