Es sencillo saber si windows ha sido iniciado a prueba de fallos, a prueba de fallos con red o en modo normal :

Public Declare Function GetSystemMetrics Lib "user32" (ByVal nIndex As Long) As Long

Public Const SM_CLEANBOOT = 67

Select Case GetSystemMetrics(SM_CLEANBOOT)
    Case 1: 'modo a prueba de fallos
    Case 2: 'modo a prueba de fallos con soporte de red
    Case Else: 'modo normal
End Select
End Sub