Supongamos que un programa nuestro trabaja con archivos de extension ".qwe".
Si queremos que cuando el usuario se encuentra en el explorador, al hacer click derecho, dentro del menu que aparece, se coloque a una llamada a nuestro programa.
Esto no es lo mismo que asociar la extension a un ejecutable (aunque es parecido), no queremos que si las extensiones ".qwe" estan asociadas a un ejecutable "R" deje de abrirse éste al hacer doble click sobre el archivo.

Debemos leer en el registro en HKEY_CLASSES_ROOT\.qwe el valor predeterminado de esa clave (supongamos que devuelve "qwefile"). Con ese valor que obtuvimos debemos colocarnos en HKEY_CLASSES_ROOT\qwefile\shell y añadir una nueva clave (por ejemplo MiPrograma).
En esa clave MiPrograma ponemos como valor predeterminado lo que queramos que aparezca en el menú (por ejemplo "Abrir con &Miprograma").
A esa clave HKEY_CLASSES_ROOT\qwefile\shell\MiPrograma le añadimos otra llamada "command" y le ponemos como valor predeterminado la ruta a nuestro programa :
"c:\archivos de programa\mi programa\miprograma.exe" "%1" (respetando todas esas comillas).

Si quereis hacerlo desde un programa VB podreis emplear la clase que encontrareis en el artículo "Manejo del registro de windows 32 bits" de la sección Trucos de mi web.